Τον Ιούνιο του 1948, μερικοί ποδοσφαιριστές που αγωνίζονταν στο ΑΠΟΕΛ, προχώρησαν με μερικούς άλλους στην ίδρυση της Ομόνοιας, ενός σωματείου που έμελλε να εξελιχθεί και να γίνει απο τα μεγαλύτερα της Κύπρου.

Στις 4 Ιουνίου το 1948 ο φίλαθλος γιατρός και Δημοτικός Σύμβουλος Λευκωσίας Δρ. Ματθαίος Παπαπέτρου συγκρότησε πλατιά σύσκεψη αθλητών και φιλάθλων με σκ οπό την ίδρυση ενός νέου αθλητικού σωματείου, ακομμάτιστου και απόλυτα προσηλωμένου στην ιδέα του γνήσιου αθλητισμού. Η σύσκεψη αυτή που έγινε στον "Παρνασσό" ενέκρινε την εισήγηση του Δρ.Παπαπέτρου για την ίδρυση του νέου σωματείου και εκλέχθηκε προσωρινή επιτροπή για την σύνταξη του καταστατικού και την σύντομη εγγραφή του νέου αθλητικού σωματείου της Λευκωσίας. Η επιτροπή αποτελέστηκε από τους κ.κ. Ματθαίο Παπαπέτρου, Γεώργιο Θεοχαρίδη, Σταύρο Συρίμη, Μίκη Τσαγγαρίση, Τάκη Πίττα, Γεώργιο Λαδά και Κώστα Καλησπέρα. Η πρώτη τακτική γενική συνέλευση έγινε στις 17 Ιουνίου το 1948 όπου εγκρίθηκε το καταστατικό και δόθηκε στο σωματείο το όνομα του συλλόγου, " ΑΘΛΗΤΙΚΟΣ ΣΥΛΛΟΓΟΣ ΟΜΟΝΟΙΑ ΛΕΥΚΩΣΙΑΣ ".

Το όνομα και το έμβλημα της, η Ομόνοια, δεν το πήρε τυχαία. Το όνομα προτιμήθηκε ύστερα από πολλή σκέψη. Προτιμήθηκε η λέξη Ομόνοια για να δείχνει την αντίθεση της προς τον διχασμό και τη διάσπαση. Αυτό ήθελαν και ζητούσαν όλοι οι πραγματικοί αθλητές και ήταν αυτό που ένωσε όλους όσους αγαπούσαν πραγματικά το ποδόσφαιρο και τον αθλητισμό. Γιατί το έμβλημα του το τριφύλλι; Και αυτό έγινε κατόπιν πολλής σκέψης. Η Ομόνοια χρειαζόταν ένα έμβλημα που να ενσαρκώνει τα ιδανικά του, τους σκοπούς του, αλλά και να είναι φορέας της δύναμης, της μαχητικότητας, της επιμονής και της αποφασιστικότητας των πρώτων θαρραλέων ιδρυτών του σωματείου.

Επελέγη το τριφύλλι γιατί έχει το χρώμα το πράσινο, το χρώμα της ελπίδας. Οι ιδρυτές του Σωματείου παρόλο που βρέθηκαν σε πολύ δύσκολες συνθήκες, διάλεξαν το τριφύλλι γιατί έλπιζαν και πίστευαν πως θα γινόταν ξαστεριά στα ποδοσφαιρικά μας πράγματα και πως το νέο σωματείο, η ΟΜΟΝΟΙΑ, θα πρωτοστατούσε και θα πρωτοπορούσε, θα θριάμβευε και με την σωστή αθλητική πολιτική και δράση του θα επιβάλλετο στην συνείδηση των φιλάθλων.

Από τον πρώτο χρόνο της ίδρυσης της η "Ομόνοια" μαζί με μερικά άλλα σωματεία δημιούργησαν την Κυπριακή ερασιτεχνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία (ΚΕΠΟ) και διοργάνωσαν ξεχωριστά πρωταθλήματα από την Κυπριακή Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου (ΚΟΠ). Στα πρωταθλήματα της ΚΕΠΟ η "Ομόνοια" αναδείχθηκε τέσσερεις φορές πρωταθλήτρια (1948-49, 1949-50, 1950-51, 1951-52) και πέντε φορές κυπελλούχος (1949-49, 1949-50, 1950-51, 1951-52, 1952-53). Με την ενοποίηση του κυπριακού ποδοσφαίρου, το 1953, η "Ομόνοια" εντάσσεται στη δύναμη της ΚΟΠ ως ομάδας Α' Κατηγορίας και από τότε έχει να επιδείξει πολυάριθμες επιτυχίες τόσο στα πρωταθλήματα της ΚΟΠ όσο και σε διεθνή πρωταθλήματα.